Dypstruktur refererer til den abstrakte, underliggende setningsstrukturen i språkvitenskapen. Det er en konseptuell ide om hvordan en setning er grunnleggende strukturert, uavhengig av dens faktiske uttrykk i tale eller skrift. Dypstrukturen er det nivået der grammatikalsk informasjon og mening blir generert før den omdannes til overflatestruktur, som er den faktiske formen eller syntaksen i en setning. Noam Chomsky introduserte dette begrepet som en del av transformationell grammatikk, og det har vært et viktig konsept i studiet av universell grammatikk og språkbehandling.

1. Knut studerer nå gir overflatestrukturen, mens dypstrukturen kan være "Nå studerer Knut."
2. I setningsdiagrammering fokuserer man på å avdekke dypstrukturen til setninger.
3. Noen språklige teorier antyder at alle språk har en felles dypstruktur.
4. Ifølge Chomskys transformasjonsgrammatikk er det mulig for en setning å ha flere overflatestrukturer, men kun én dypstruktur.
5. I lingvistikkundervisningen går man gjerne gjennom syntaktisk transformasjon fra dypstruktur til overflatestruktur.